Hipmi Provinsi Aceh di pimpin oleh seorang Ketua Umum di dampingi oleh seorang Sekretaris Umum beserta lima Wakil Sekretaris Umum dan seorang Bendahara Umum berserta empat Wakil Bendahara Umum beserta sembilan Ketua Bidang beserta para Kompartemen dan Departemennya.
Kepengurusan BPD Hipmi Provinsi Aceh mempunyai periode waktu selama tiga tahun dalam masa kepengurusannya. Seorang Ketua Umum BPD Hipmi Provinsi Aceh di pilih secara demokratis oleh seluruh anggota dan pengurus BPD Hipmi Provinsi Aceh.
Hipmi juga adalah Organisasi Kader sehingga seorang Ketua Umum BPD Hipmi Provinsi Aceh hanya bisa menjabat sebagai Ketua Umum satu kali periode saja.
BPD HIPMI Provinsi Aceh memiliki enam Badan Pengurus Cabang (BPC) yang mencakup seluruh wilayah Provinsi Aceh yaitu Provinsi Aceh Selatan, Timur, Pusat, Utara, Barat, dan Kepulauan Seribu.
